Ein gut geführter Fonds für Schiffsbeteiligungen sollte regelmäßig Gewinne erzielen. Es handelt sich dabei um Gewinne aus einem Gewerbebetrieb, sofern die Fondsgesellschaft selbstständig wirtschaftlich tätig ist, sich um Nachhaltigkeit bemüht und die laufenden Kosten aus dem Betrieb des oder der Schiffe trägt. Falls die Einnahmen aus dem Schiffsbetrieb die Ausgaben übersteigen, erzielt die Gesellschaft einen Gewinn. Dieser Gewinn wird nicht in Zusammenhang mit den Ausschüttungen an die Anleger gebracht, sondern er ist separat zu sehen. Es kann also vorkommen, dass der erwirtschaftete Gewinn der Investmentgesellschaft höher ausfällt als die Gesamtsumme der Ausschüttungen an die Anleger. Dafür wird zum Beispiel ein Teil des Gewinns reinvestiert oder als Rücklage für spätere Investitionen angelegt. Trotzdem müssen die Anleger den berechneten Gewinn im Rahmen ihrer Einkommensteuererklärung versteuern. Die Gesellschaft selbst ist aufgrund der steuerlichen Transparenz einer Kommanditgesellschaft nicht verpflichtet, den Gewinn zu versteuern. Eine Schiffsfondsgesellschaft ist berechtigt, den Gewinn auf eine von zwei verschiedenen Arten zu berechnen. Man unterscheidet die Gewinnermittlung auf herkömmliche Weise und nach der Tonnagesteuer. Die Gewinnermittlung nach der Tonnagesteuer hat für die Anleger den Vorteil, dass der Gewinn pauschal ermittelt wird und dadurch erheblich geringer ausfällt als bei der herkömmlichen Ermittlungsmethode. Allerdings muss die Geschäftsleitung der Fondsgesellschaft diese besondere Form der Gewinnermittlung schriftlich beantragen. Außerdem muss sichergestellt werden, dass sowohl die kaufmännische Betriebsführung des Schiffes als auch die technische Versorgung und Instandsetzung, also die sogenannte Bereederung, ausschließlich in Deutschland erfolgt. Auch die Geschäftsleitung der Schiffsfondsgesellschaft muss ihren Sitz in Deutschland haben und das Schiff muss in ein deutsches Register eingetragen sein. Wenn der Antrag auf die Besteuerung der Gewinne nach der Tonnagesteuer genehmigt wurde, muss der Gewinn für mindestens zehn Jahre nach der Nettoraumzahl der Schiffe ermittelt werden. Die Kommanditisten müssen also nur auf den geringeren Gewinn ihren persönlichen Einkommensteuersatz zahlen. Wird allerdings das Schiff später einmal mit Gewinn verkauft, ist der Gewinn aus dem Verkauf durch die Anwendung der Tonnagesteuer bereits abgegolten.